Ventilátor je jedinou energeticky-součástí vzduchotechnické jednotky. Podobně jako u běžných ventilátorů je třeba při objednávání vybrat vhodný typ ventilátoru na základě vztahu mezi průtokem vzduchu a tlakovou výškou, jako jsou dopředu -zakřivené nebo dozadu-zakřivené lopatky, aby byla zajištěna optimální hlučnost a účinnost. Profilové ventilátory dovezené ze zahraničí prokázaly v posledních letech vysokou účinnost.
S rozvojem výpočetní techniky a zdokonalováním úrovní automatického řízení se systémy s proměnným objemem vzduchu (VAV) stále častěji používají v kancelářských budovách, čistých prostorách, nemocnicích a dalších prostředích, což klade nové a vyšší nároky na výběr ventilátorů přiváděného a odváděného vzduchu do vzduchotechnických jednotek. Za prvé, charakteristika ventilátoru by měla mít hladkou křivku, aby se systém vyhnul zbytečnému zvýšení statického tlaku při poklesu průtoku vzduchu. Zadruhé, vybraný ventilátor by měl fungovat v relativně stabilním,-rozsahu vysoké účinnosti. Za třetí, vratné/výfukové ventilátory by měly být stejného modelu nebo typu jako přívodní ventilátory a měly by mít podobné výkonnostní charakteristiky, aby bylo zajištěno efektivní sladění celého systému během provozu.
